現在の本殿は、享保三（一七一八）年に建立されています。
本殿は入母屋千鳥唐破風付きけやき造りであり、平成十五年まで本殿屋根は桧皮葺でしたが、現在は銅板葺となっています。
本殿横の神輿殿は元文元年に建立され、弘化三年製作の神輿三基を収めています。
祝詞殿は平成六年に桧造り銅板葺で建立されました。
神職が祝詞を奏上する場所となります。
10月の神幸式前後には神輿三基を収めます。
拝殿、長堂も同じく享保三年に建立されています。
拝殿は、瓦葺入母屋造りで、間口3間、奥行き3間の広さとなっています。
御祈願の際、参拝者が上がり、祈願を受ける場所となります。
長堂は、瓦葺で、間口17間、奥行き2間の広さとなっています。
天井には昔奉納された絵馬などが飾られています。
御祭神：神功皇后
境内には古代神功皇后が船を着けたといわれるノット岩があり、
八幡宮の神幸式ではこのノット岩まで渡御を行います。
「ノット」とは「祝詞（のりと）を奏上する所」からその呼び方になったといわれています。
宝崎神社には他に水神社と稲荷神社があります。
御祭神：
塩土老翁大神（しおつちのおじのおおかみ）
大物主大神（おおものぬしのおおかみ）
菅原道真公
大正7年に三社が合祀されました。
平成20年7月に改築されています。
御祭神：
荒神様（こうじんさま）
月讀大神（つきよみのおおかみ）
宇加御魂大神（うかみたまのおおかみ）
本殿東側に鎮座しています。左から、稲荷社、荒神社、若宮社となります。
御祭神 ： 大国主大神（おおくにぬしのおおかみ）、少彦名大神（すくなひこなのおおかみ）
拝殿西側に鎮座しています。昭和30年熊本市に鎮座する藤崎八旛宮より勧請。
中風（ちゅうぶ・現在の脳梗塞）除け、病気平癒の神様として崇敬されています。
御祭神 ： 宇加御魂大神（うかみたまのおおかみ）
拝殿西側に鎮座しています。江戸時代、尾崎の豪商柳田家の邸内社を移設。